サウンドアップキットを利用する場合はAUXモードで純正・社外ナビオーディオから音楽再生しますが、サウンドアップキット利用中にBluetoothモードに切り替えて音楽再生機器と直接ペアリングしても音楽再生できるのですか？またその時の音質の変化はありますか？

JOYN SMART STATION本体と音楽再生機器をBluetoothペアリングして使用する本来の使用方法でも利用可能です。
その場合、純正・社外ナビオーディオの音声出力をJOYN SMART STATION本体へ入力しない為(※純正アンプを飛ばしている状態)、純正・社外ナビオーディオの音声を車両スピーカーから出音させる事は原則できません。市販サテライトスピーカーなどをナビオーディオ側に接続させると併用が可能になります。
但し、純正ナビオーディオに限っては、純正配線の仕様によりサウンドアップキット利用時のBluetoothモードであっても、車種依存によって純正ナビオーディオの音声が出音するケースもございます。

音質は劇的に変わります。
純正・社外ナビオーディオを経由せず、直接アンプとつながることにより、
JOYN SMART STATION本来の豊かな表現力によってこれまで聴こえなかった音が聴こるようになり、
独自回路設計による高いスピーカー制動力によって切れとスピード感のある音質をお楽しみいただけます。