サウンドアップキットを使用していますが、純正・社外ナビオーディオのフェーダーをリア側に設定すると音が出ません。

ナビオーディオ側にフェーダー設定がある場合、サウンドアップキットによるJOYN本体への音声入力はナビオーディオのフロント2CH音声出力のみとなるため、ナビオーディオ側フェーダー設定はフラットにしてください。
リア側にフェーダー設定を行うと出音しませんのでご注意ください。